thoraxe

• thoraxe package
  • Subpackages
    • thoraxe.add_transcripts package
      • Submodules
      • thoraxe.add_transcripts.add_transcripts module
      • Module contents
    • thoraxe.subexons package
      • Submodules
      • thoraxe.subexons.alignment module
      • thoraxe.subexons.ases module
      • thoraxe.subexons.graph module
      • thoraxe.subexons.phylosofs module
      • thoraxe.subexons.plot module
      • thoraxe.subexons.rescue module
      • thoraxe.subexons.subexons module
      • thoraxe.subexons.tidy module
      • Module contents
    • thoraxe.transcript_info package
      • Submodules
      • thoraxe.transcript_info.clusters module
      • thoraxe.transcript_info.exon_clustering module
      • thoraxe.transcript_info.phases module
      • thoraxe.transcript_info.transcript_info module
      • Module contents
    • thoraxe.transcript_query package
      • Submodules
      • thoraxe.transcript_query.transcript_query module
      • Module contents
    • thoraxe.utils package
      • Submodules
      • thoraxe.utils.folders module
      • thoraxe.utils.species module
      • thoraxe.utils.split module
      • thoraxe.utils.windows module
      • Module contents
  • Submodules
  • thoraxe.thoraxe module
    • add_s_exon_phases_and_coordinates()
    • create_chimeric_msa()
    • get_s_exon_msas()
    • get_s_exons()
    • get_subexons()
    • get_transcripts()
    • main()
    • merge_clusters()
    • parse_command_line()
    • update_subexon_table()
  • thoraxe.version module
  • Module contents